原則として医療費の負担は1割です。ただし、申請者を含む同一保険加入者世帯の収入及び課税状況により、1ヶ月の自己負担上限額が2,500円、5,000円、10,000円、20,000円、上限なしとなります。また、生活保護受給の方は、自己負担はありません。
※腎臓機能障がい、小腸機能障がい、免疫機能障がい、肝臓機能障がい以外の障がいで市町村民税課税の方は更生医療においての自己負担上限額は設定されず、医療保険の自己負担限度額までとなります。